不过在攻击第二道防线之时，小直布罗陀的联军火炮开始猛烈地射击，大批法军被钉死在阵地上，其后增援到来，但是仍旧没有取得任何建树。

拿破仑在后面看着战斗的局势，当他看到大批的士兵开始动摇和犹豫不前的时候，拿破仑拔出了腰间的指挥刀，对自己预备队的士兵们高喊道：“是我们获取胜利的时刻了！”

明明法军遭遇着困难，可是拿破仑却一脸就要打赢了的样子，而他的士兵也很轻易地被他的情绪所感染。

拿破仑命令米尔隆中尉率领一个营的士兵执行迂回作战，在敌军完全没有防备的情况下，绕过棱堡，从后门攻入了小直布罗陀。凌晨3时许，这个营突入小直布罗陀炮台，给后续部队打开了一个缺口。这给敌军造成了极大的混乱，拿破仑立即指挥法军开始猛冲棱堡，一举占领了炮台和小直布罗陀。

惊慌的联军企图在破晓时分夺回小直布罗陀，但是拿破仑立即组织自己的士兵开始防守。

“将炮台上的火炮调转炮口，把敌人死死地压制在下面！”拿破仑似乎永远精力十足，而取得胜利的法军士兵们，也跟他们的指挥官一样，迸发出了极大的热情和精力。

即便是联军发动了几次十分猛烈的进攻，但是法军顽强地守住了小直布罗陀。

17日上午10时，法军在调整部署以后，再次向敌人发起进攻，又经过几小时的激烈战斗终于将敌人全部逐出了克尔海角。这样，法军经过10几个小时的激烈搏斗，终于使三色旗飘扬在小直布罗陀和克尔海角的上空。在这次战斗中，拿破仑身先士卒，冲锋陷阵，身上两处负伤，所幸都不是很严重。法军为这次进攻付出了伤亡1000人的代价，联军则伤亡2500人。

而小直布罗陀的陷落，使得英国皇家海军的舰队不敢继续再停留，胡德勋爵命令舰队不顾强烈的东南风，张帆起锚，离开土伦港。