攻打流求海匪的背后主使正是蒲寿庚和这些宗室。之前他们对流求这个蛮荒之地毫无兴趣，认为毫无价值。在霹雳军开发下，流求眼下已成了一片极具价值之地，不仅有了百万人口，还有了数百万亩良田。岛上疫病和食人生番的麻烦也被解决得差不多了。更重要的是，岛上每年蔗糖收益便极为惊人，这让他们红了眼，便动了心思将其夺了过来。

蒲寿庚和泉州赵氏宗室本不想惊动朝廷，毕竟流求只是化外之地。只需要将岛上之人赶走，便会成为代代继承且不用纳税的私产。为此他们前期谋划了许久，又派了大量的探子，还重金仿造了数百门火炮。入侵流求的那二万人中，货真价实的海匪只有五千人，其余的皆是宗室家丁和蒲寿庚船队的水手。这些海上讨生活的人，除了财力比海匪富裕外，其余并无二致。

他们的时机把所握得很准。趁着流求海军主力外出之机，他们以澎湖为集结地，趁机在台南登岛。他们的想法是拿下防卫相对薄弱的台南和台中之后，再海陆两路合击台北。只要将这三座城市拿下，即便流求海军主力返回，也只有乖乖投降的命。流求海军再强大，但一旦没有了后勤补给，便会成为无源之水、无根之山。

这个计划是蒲寿庚制定的。应该说这个计划很完美，负责执行的蒲寿庚之子蒲师文及其手下孙胜夫、尤永贤也很得力。他们唯有的疏漏就是低估了流求陆军的战力。流求陆军数量不多，其成立以来并未经历过恶战大战，战力并不强。当然，流求陆军不仅有棱堡和优良的火器，更重要的是有严格军纪。蒲师文所率的海匪虽然单兵作战力能极强，却难以轻易取胜。

蒲师文坐镇澎湖指挥，孙胜夫率军进攻台南，尤永贤进攻台中，这三路皆不顺利。孙胜夫的五千手下已死了一千余人，火炮也损失了大半，却连台南堡外墙都没有打开缺口；尤永贤更惨，其一万人已经损失三千余人，火炮则全部失去，而前往台中的道路上还横亘着三组屯垦点。后方的蒲师文也不轻松，流求海军的留守舰队，以游击战术频繁袭击运输船只，甚至还炮击澎湖的粮草堆放点。

登陆流求已经快两个月了，二万海匪死伤惨重却毫无进展，士气也越来越低迷。蒲寿庚得到线报说，在倭国和高丽方向的流求海军已经开始返航，而台北方向也集结了数千军队。如果不追加援兵，不仅打不下流求，甚至还会被切断退路。

“两害相权取其轻”，左思右想之下，蒲寿庚和泉州的赵氏宗室决定请朝廷派兵上岛“剿匪”，虽然这样会被人分成一大杯羹，但总好过损失惨重甚至全军覆灭，到头来却两手空空。