林缚也是信奉“枪杆子里出政权”，不希望在军政上给外人制肘，淮东诸人也应主要团结在枢密院周围，也不应给分散开。

这边大义名份定下来，林缚就大张旗鼓的组建枢密院。

依照淮东军司之前的架构，枢密院仍旧设水军、步军、马军三司以及粮械、战训、教习、律纪、军情、军医等监，曹子昂都将调回江宁来，以补充人手的不足，与秦承祖、高宗庭、宋浮、林梦得、孙敬轩、孙敬堂、王成服、孙文炳、胡致诚、朱艾、武继业等人一起，又将虞万杲的子侄虞文澄、虞文备征入枢密院任将职，将枢密院的体系撑起来。

崇州五县裂为崇国，林缚委任李书义为崇国相，阶同知府，以掌民政；但海贸、厘金局、工坊、军械、铁作、船场等事务，有专人分管的，依旧由孙丰毅、周广东等人分管，没人分管的，由枢密院直领，最终还是归属到枢密院诸监司体系之下。

步军司所辖长山军、崇城军、淮阳军、凤离军保留不动，津海军除一旅精锐留在崇州为卫营外，其他悉数调入江宁。

林缚并无意将禁卫跟京营军分成两个系统，徒增麻烦，他一身兼领卫尉、京营都督两职，实际将京营军及禁卫统称禁营，也仿枢密院分设水、步、马三军：

设禁营水军，将原津海、庙山等部水军编入，补入辎兵，兵额定为一万，以杨一航为都指挥使。

设禁营步军，以赵虎都指挥使，以原津海军主力为骨架，补入辎兵，兵额定为两万，负责皇城、外城以及京畿诸县的防务。

设禁营马军，以周普为都指挥使。淮东就那么点骑兵，也只能一套班子挂两套牌子。

当然，禁营三军也都受枢密院水步马三司辖管，以最终保证军政大权能集中使用。

禁营军主要卫戍跟控制江宁，作战的任务减轻下来，故而不是林缚接下来要加强的重点。

浙东地区脱离战事的威胁，与海陵、淮安两府，都将改由江宁六部直辖，但在闽东、浙西、徐泗、池州、淮西、荆湖、湘潭、南阳、河中等地，都还直接面临战事的威胁。

林缚将在枢密院下设行营辖这些地方的军政，岳冷秋以枢密副使、江西招讨使兼领池州行营总管、知池州府事，负责池州行营，以六万兵额为限，调拔钱粮。

董原以枢密副使、河南招讨使兼领淮西行营总管，负责淮西防区，加兵部尚书衔。以十一万兵额为限，扣除地方税赋后，补拨钱粮。

胡文穆以枢密副使任荆湖行营总管，负责荆湖防区，共六万兵额。

原潭州知府兼督兵备事张翰以枢密副使，加兵部侍郎衔，兼领潭州行营总管，负责湘潭防区，共编五万兵额。

浙东诸府县脱离战事的威胁，浙东行营裁撤，另设浙西行营，傅青河兼领总管，分设水步都指挥使，周同任浙西行营步军都指挥使，原浙东行营军，除必要留戍地方兵力，步军都编入崇城军，兵额增加四万；任粟品孝为浙西行营水军都指挥使，孙文辉任副都挥使，原浙东行营水营兵马，与白淖军整合编入，兵额为一万。

设闽东行营，以周同为总管，所辖兵马为原闽东行营军不变。

设徐州行营，刘妙贞任行营总管，与徐泗行营军合并兵额也增至四万。

此外，弋江、青阳、南阳三县从池州府分割出来，与庐州府一起，合并为一个防区，为江宁西屏，敖沧海兼领弋江镇守，东海府军将编入长山营，兵额四万。以内河战船为主的第三水营，将与第二水营换防，进入弋江协防，实际淮东屯于弋江、庐州的兵力，将多达六万众。

山阳为徐泗防线内侧最重要的支撑，将山阳、泗阳、沐口等城寨分割出来，当列一防区，以宁则臣兼领山阳镇守，第二水营也将主要驻戍于淮口，总兵力约计四万。

除去地方兵备不算，江宁所辖，由枢密院及兵部造册的正卒兵额约计五十二万有余，其中淮东兵力一增再增、一扩再扩，此时已经达到二十四万之巨，除了地方卫戍兵马及水军外，野战步卒就达到十二万之众。